本系前身為國立高雄應用科大金門分部資訊管理科，原本招收二專日間部，至民國91年起設立進修推廣部二技，並於民國92年8月1日在國立金門技術學院獨立設校時，將日間部二專改制為四技，開始招收日四技學生。為積極響應政府所推動之產業升級計畫，培養軟體設計、資訊科技及電子產業間系統整合與應用所需之人才，本系於民國96年申請改名為『資訊工程系』，本系也致力於資訊網路、多媒體應用、嵌入式系統融合在地特色與應用性課程之規劃與教學研究之發展，培育具備電子與資訊系統整合應用、多媒體與行動商務應用與服務之人才。民國99年8月1日本校獲教育部同意正式改名為國立金門大學，本系同時也改名為『資訊工程學系』，另一方面、本系還有資訊工程學系進修部，為金門地區居民提供回流教育服務。
本系秉持理論與實務並重的教學目標為培育國家與產業所需電腦維護與軟體設計、資訊電子技術整合與資訊服務與應用能力的專業人才而努力。本系本著資訊技術提升、知識創新與提供企業界優質可塑造人才之理念，根據資訊相關產業環境現況，配合國內大專教育訓練與證照制度實施，重視學生基本人格素養的發展與基礎專業技能的養成，為符合教育部多元入學政策為依歸，為落實學生技術深根與大學人文科技素養。本系以發展資訊技術與提升科技應用為目標，強調理論與實務並重，配合本土區域發展特色，落實資訊科技技術之研究，強調數位學習理念及提昇自主學習能力，依學生個人特質，培養學生成為具備軟體設計與應用素養之資訊專業人才或具備資訊與電子嵌入式整合能力之專業人才。課程面加強資訊基礎理論與專業實習之課程能量，師資面強化業界經驗豐富且有專業技術之師資以利學生所學可與社會各企業接軌。